Ghetoul din Cluj a fost unul dintre cele mai mari din Transilvania de Nord. Ca şi în alte zone ale regiunii, ghetoizarea, care a început la 3 mai 1944, a fost precedată de un anunţ lipit în întreg oraşul cu o zi înainte. Semnat de Lajos Hollóssy-Kuthy, adjunctul şefului poliţiei, textul anunţului a fost publicat şi în presa locală, la 3 mai. Evreii din Cluj şi din comunităţile judeţului Cluj au fost concentraţi într-un ghetou stabilit la cărămidăria Iris, în partea de nord a oraşului. Chestiunile specifice ale operaţiunii de concentrare au fost puse la punct la o întâlnire din data de 2 mai, sub conducerea lui László Vásárhelyi, primarul oraşului, László Urbán, şeful poliţiei şi a colonelului de jandarmi Paksy-Kiss. Întrunirea, la care au participat aproape 150 de oficiali ai municipalităţii însărcinaţi cu operaţiunea de adunare, s-a ocupat de detaliile procesului de ghetoizare, aşa cum a fost configurat în decret şi la conferinţa lui László Endre, ţinută la Satu Mare la 26 aprilie.
Oficialii maghiari din Cluj au primit asistenţă de specialitate pentru atacul împotriva evreilor de la SS-Hauptsturmführer Strohschneider, comandantul local al serviciilor germane de securitate. Ghetoizarea s-a făcut în ritm rapid. La 10 mai, populaţia ghetoului ajunsese la 12.000 de persoane. În momentul său de vârf, chiar înainte de deportare, cuprinzându-i atunci şi pe evreii transferaţi din ghetoul de la Gherla, populaţia ghetoului din Cluj era de 18.000 de persoane.
Alături de ofiţerii menţionaţi mai sus, următorii oficiali au fost şi ei implicaţi masiv în ghetoizarea evreilor: József Forgács, secretarul general al judeţului Cluj, reprezentându-l pe adjunctul prefectului; Lajos Hollóssy-Kuthy, adjunctul şefului poliţiei; Géza Papp, un ofiţer de poliţie de rang înalt; Kázmér Taar, un angajat cu rang înalt al biroului primarului. Comanda generală a procesului de ghetoizare în judeţul Cluj, cu excepţia oraşului Cluj, a aparţinut lui Ferenc Szász, adjunctul prefectului judeţului Cluj, şi lui József Székely, primarul oraşului Huedin. Evreii din diferitele oraşe şi sate ale judeţului au fost mai întâi concentraţi în localităţile lor, de obicei în sinagogă sau în instituţia evreiască adiacentă. După o scurtă perioadă de timp şi o primă rundă de exproprieri, ei au fost transferaţi în ghetoul din Cluj.
Printre cei transferaţi în ghetoul din Cluj se aflau evrei din multe comunităţi din districtele Borşa, Cluj, Hida, Huedin şi Nadasdia.20 După comunitatea evreiască a Clujului, de departe cele mai mari comunităţi aduse la cărămidăria Iris au fost cele din Huedin şi Gherla. Evreii din Huedin au fost adunaţi sub comanda şi supravegherea lui József Székely, Pál Boldizsár, ofiţerul responsabil cu aprovizionarea în oraş, József Orosz, şeful poliţiei şi a ofiţerilor de poliţie şi detectivilor Ferenc Menyhért, András Szentkúti, András Lakatos şi Sándor Ojtózi.
Cărămidăria ghetou din Gherla cuprindea aproape 1.600 de evrei. Dintre aceştia, circa 400 erau originari chiar din oraş; alţii au fost aduşi din comunităţile vecine în districtul Gherla.21 Transferul acestor evrei în ghetoul din Cluj s-a făcut sub comanda lui Lajos Tamási, primarul Gherlei, şi a lui Ernö Berecki şi András Iványi, ofiţeri comandanţi ai poliţiei din oraş.
Ghetoul din Cluj s-a aflat sub comanda directă a lui László Urbán. Administraţia internă a ghetoului a fost încredinţată Consiliului Evreiesc, format din liderii tradiţionali ai comunităţii evreieşti locale. Acesta era condus de József Fischer, şeful comunităţii Neologice a oraşului, şi îi includea pe rabinul Akiba Glasner, József Fenichel, Gyula Klein, Ernö Marton, redactorul-şef al publicaţiei Új Kelet („Estul Nou”), Zsigmond Léb şi rabinul Mózes Weinberger (ulterior, Carmilly-Weinberger). Secretar general era József Moskovits, şi secretarul Dezsö Hermann. József Fischer avea reputaţia de a fi unul dintre liderii evrei locali care erau complet informaţi asupra realităţilor programului nazist al Soluţiei Finale. El şi familia sa s-au aflat printre cei 388 de evrei luaţi din ghetoul din Cluj şi duşi la Budapesta – şi, eventual, spre libertate – la 10 iunie 1944, ca parte a controversatei înţelegeri a lui Kasztner cu SS-ul.22
Ghetoul a fost evacuat în şase transporturi, primul dintre acestea fiind executat la 25 mai, iar ultimul la 9 iunie.
